Današnji Centar za sigurnost hrane osnovala je Vlade Republike Hrvatske Zakonom o hrani iz 2003. godine (NN 117/2003) kao Hrvatsku agenciju za hranu, koja je službeno započela s radom početkom siječnja 2005. godine. U prosincu 2018. Hrvatski sabor donio je Odluku o proglašenju Zakona o Hrvatskoj agenciji za poljoprivredu i hranu, kojim od 1. siječnja 2019. godine, Hrvatska agencija za hranu nastavlja s radom u okviru Hrvatske agencije za poljoprivredu i hranu kao Centar za sigurnost hrane.
Prvo sjedište Hrvatske agencije za hranu bilo je u Kapucinskoj ulici u Osijeku, a od 2008. godine sjedište je na adresi Ivana Gundulića 36 b u Osijeku.
Od 2003. godine Zakon o hrani doživio je mnoge izmjene te potpuno nove inačice (Zakon o hrani NN 46/2007, Zakon o hrani NN 81/2013, Zakon o hrani NN 18/2023), kojima je omogućeno učinkovitije funkcioniranje sustava sigurnosti hrane Republike Hrvatske. U svim izmjenama i novim inačicama Zakona o hrani Hrvatska agencija za hranu, odnosno današnji Centar za sigurnost hrane, kontinuirano su imenovani kao nadležno tijelo za procjenu rizika od kemijskih, bioloških i fizikalnih opasnosti u hrani koje daje znanstvena mišljenja i pruža znanstvenu i tehničku potporu te uspostavlja i koordinira Nacionalnu mrežu institucija u području sigurnosti hrane i hrane za životinje. Centar je također i nacionalna kontakt točka Europske agencije za sigurnost hrane, kontakt točka INFOSAN-a te kontakt točka Sustava brzog uzbunjivanja za hranu i hranu za životinje Republike Hrvatske.
Djelatnici Centra za sigurnost hrane do pristupanja Republike Hrvatske Europskoj uniji 2013. godine bili su promatrači bez prava glasa u različitim znanstvenim mrežama Europske agencije za sigurnost hrane, a pristupanjem Republike Hrvatske Europskoj uniji postali su punopravni članovi s pravom glasa te redovito aktivno pridonose radu tih znanstveih mreža.
Centar za sigurnost hrane više od 20 godina obavlja znanstvene i stručne poslove iz područja sigurnosti hrane i hrane za životinje kao nacionalna referentna točka za procjenu rizika u području sigurnosti hrane i hrane za životinje. U obavljanju svoje djelatnosti primjenjuje načela neovisnosti, transparentnosti i povjerljivosti.
Centar surađuje s institutima, zavodima, akademskom zajednicom, laboratorijima i drugim pravnim osobama uključenim u sustav sigurnosti hrane i hrane za životinje u Republici Hrvatskoj. Također surađuje i s državama članicama Europske unije te s međunarodnim institucijama i organizacijama koje imaju slične zadaće.
Danas je u Centru zaposleno 19 djelatnika, od kojih je 7 doktora znanosti, 2 na doktorskom studiju, dok su ostali djelatnici s visokom stručnom spremom.
Poslovanje i procesi Centra provode se u okviru implementiranog sustava upravljanja kvalitetom sukladno zahtjevima norme ISO 9001, što osigurava kontrolu procesa i kontinuirano unaprjeđivanje poslovanja Centra.