Današnji Centar za sigurnost hrane (CSH) osnovan je od strane Vlade Republike Hrvatske kao Hrvatska agencija za hranu (HAH), temeljem Zakonom o hrani iz 2003. godine. Službeno je započeo s radom početkom siječnja 2005. godine u Kapucinskoj ulici u Osijeku, a od 2008. godine do danas djeluje na adresi Ivana Gundulića 36 b u Osijeku.
U prosincu 2018. Hrvatski sabor donosi Odluku o proglašenju Zakona o Hrvatskoj agenciji za poljoprivredu i hranu, kojim od 1. siječnja 2019. godine, Hrvatska agencija za hranu nastavlja s radom u okviru Hrvatske agencije za poljoprivredu i hranu (HAPIH) kao Centar za sigurnost hrane (CSH).
CSH obavlja znanstvene i stručne poslove iz područja sigurnosti hrane i hrane za životinje, te je nacionalna referentna točka za procjenu rizika u području sigurnosti hrane i hrane za životinje.
U obavljanju svoje djelatnosti CSH primjenjuje načela neovisnosti, transparentnosti i povjerljivosti.
CSH surađuje s institutima, zavodima, akademskom zajednicom, laboratorijima i drugim pravnim osobama uključenim u sustav sigurnosti hrane i hrane za životinje u Republici Hrvatskoj. Također surađuje i s državama članicama Europske unije te s međunarodnim institucijama i organizacijama koje imaju slične zadaće.
CSH je kontakt točka za suradnju s Europskom agencijom za sigurnost hrane (EFSA) u području procjene rizika, a podatke i informacije dobivene od EFSA-e dostavlja nadležnim tijelima. CSH također je i INFOSAN Focal Point za RH.
Danas je u Centru stalno zaposleno 12 djelatnika: 5 doktora znanosti te 7 djelatnika sa visokom stručnom spremom.
Poslovanje i procesi Centra provode se u okviru implementiranog sustava upravljanja kvalitetom sukladno zahtjevima norme ISO 9001, što osigurava kontrolu procesa i kontinuirano unaprjeđivanje poslovanja Centra.