Temeljna zadaća Centra je znanstvena procjena rizika, izrada znanstvenih i stručnih mišljenja te pružanje znanstvene i tehničke pomoći na zahtjev Ministarstva poljoprivrede, Ministarstva zdravstva, Državnog inspektorata te trećih zainteresiranih strana u području sigurnosti, kvalitete i sljedivosti hrane i hrane za životinje, kao i genetski modificirane hrane i hrane za životinje, ali i u pitanjima vezanim za prehranu, zdravlje i dobrobit životinja te biljno zdravstvo.
Nadalje, zadaća CSH je izrada znanstvenih studija i istraživanja u području sigurnosti i kvalitete hrane i hrane za životinje te prehrambenih navika. Također, CSH ima nadležnost prikupljanja i analiza rezultata službenih kontrola i ostalih podataka, u svrhu karakteriziranja i praćenja rizika koji imaju izravan ili neizravan utjecaj na sigurnost, kvalitetu i sljedivost hrane i hrane za životinje.
U djelokrug rada CSH ulazi i razvoj i primjena jedinstvene metodologije procjene rizika u području sigurnosti hrane i hrane za životinje, kao i dentifikacija i karakterizacija rizika u nastajanju.
CSH ima i zakonsku obvezu koordiniranja nacionalne mreže institucija te je nadležan za uspostavu i koordiniranje baze znanstvenika u području sigurnosti i kvalitete hrane i hrane za životinje te prehrane. Uloga CSH-a je i edukacija zainteresiranih strana i izdavanje edukativnih materijala vezano za opasnosti i rizike koji potječu od hrane i hrane za životinje. Centar također pruža znanstvenu i tehničku pomoć u područjima nacionalne sigurnosti Republike Hrvatske, kao i prehrambene sigurnosti i bacanja hrane.
CSH uspostavlja i upravlja nacionalnim centralnim repozitorijem podataka rezultata službenih kontrola i monitoringa hrane i hrane za životinje. CSH je nadležan za izradu inicijalne procjenu rizika na zahtjev Nacionalne kontakt točke Hrvatskog sustava brzog uzbunjivanja za hranu i hranu za životinje (HR RASFF). Centar izrađuje godišnja izvješća i analizira trendove pojavnosti bioloških, kemijskih i fizikalnih opasnosti, temeljem obavijesti zaprimljenih putem HR RASFF sustava.
CSH surađuje s institutima, zavodima, akademskom zajednicom, laboratorijima i drugim pravnim osobama u Republici Hrvatskoj uključenim u sustav sigurnosti hrane, hrane za životinje te u ostalim djelatnostima Centra. CSH surađuje i s državama članicama Europske unije te s međunarodnim institucijama i organizacijama koje imaju slične zadaće kao i Centar. Nacionalna je kontakt točka Europske agencije za sigurnost hrane te osigurava razmjenu informacija između EFSA-e i nacionalnih dionika.
CSH ima i mandat zatražiti znanstveno mišljenje od EFSA-e, na zahtjev Ministarstva poljoprivrede, Ministarstva zdravstva i vlastitu inicijativu, kao i bavljenje drugih poslova i zadataka određenih propisima iz područja djelatnosti Agencije.
Djelatnosti Centra za sigurnost hrane provode se kroz Odjel za prehranu i upravljanje podacima i Odjel za procjenu rizika koji se sastoji od Odsjeka za mikrobiološku procjenu rizika i Odsjeka za kemijsku procjenu rizika.