Znanstvena suradnja u području djelovanja EFSA-e i zemalja članica odvija se putem EFSA-inih znanstvenih mreža i radnih skupina.
Imenovani predstavnici zemalja članica imaju važnu ulogu u prenošenju nacionalnih informacija i prikupljanju povratnih informacija od nacionalne važnosti vezane uz rad svake mreže i radne skupine, te tako ne predstavljaju samo nacionalne organizacije, već u širem smislu i države članice.
Cilj uspostave EFSA znanstvenih mreža je olakšati znanstvenu suradnju koordiniranjem aktivnosti, razmjenom informacija, razvojem i primjenom zajedničkih projekata kao i razmjenom stručnosti i najboljih praksi.
Popis članova u EFSA-inim znanstvenim mrežama:
