Institucije koje su obavljale djelatnosti iz područja stočarstva mijenjale su imena nekoliko puta tijekom prošlosti, a promjene imena bile su popraćene nadopunjavanjem djelatnosti koje su se bazirale na poslove i usluge u stočarskom sektoru. Tako je davne 1913. god. radi funkcionalnog vođenja matičnih knjiga, s radom započeo Savez marvogojskih udruga Hrvatske, da bi se 1957. god. Savez pripojio Zadružnom stočarskom Savezu Hrvatske radi stvaranja jedinstvene organizacije koja objedinjuje rad na selekciji stoke. Stočarski selekcijski centar Hrvatske osniva se 1960. god., a 1975. god. pripaja se u sastav Poljoprivrednog centra Hrvatske.
Uredbom Vlade RH 1994. god. osnovan je Hrvatsko stočarsko selekcijski centar kao samostalna ustanova za obavljanje poslova selekcije u stočarstvu i poljoprivredi, a 2003. god . mijenja naziv u Hrvatski stočarski centar. Hrvatski stočarski centar 2009. god. mijenja naziv i postaje Hrvatska poljoprivredna agencija (HPA).
Naposljetku, 01. siječnja 2019. god. veći dio HPA pripaja se Hrvatskom centru za poljoprivredu, hranu i selo te zajednički nastavljaju s radom pod nazivom Hrvatska agencija za poljoprivredu i hranu te postaje jedna od najvećih agencija pod okriljem Ministarstva poljoprivrede Republike Hrvatske.
Centar za stočarstvo kao jedan od osam centara unutar Hrvatske agencije za poljoprivredu i hranu (HAPIH) obavlja djelatnosti vezane za unaprjeđenje stočarskog sektora u Republici Hrvatskoj. Djelatnostima utječe na razvoj i unaprjeđenje stočarske proizvodnje u cjelini te provodi mjere agrarne politike koje donosi Ministarstvo poljoprivrede Republike Hrvatske.