Temeljem Zakona o Hrvatskoj agenciji za poljoprivredu i hranu ( NN 111/2018), Centar za stočarstvo obavlja slijedeće poslove:
- Označavanje i registracija domaćih životinja;
- Pružanje pomoći pri uspostavi i razvoju udruga uzgajivača domaćih životinja (suradnja sa uzgojnim udruženjima);
- Ispitivanje proizvodnih svojstava svih vrsta i pasmina domaćih životinja;
- Pružanje pomoći u provedbi programa uzgoja pasmina goveda, svinja, ovaca, koza, kopitara, kunića, peradi, pčela i drugih vrsta životinja koje imaju uzgojnu i gospodarsku namjenu (prema ovlaštenju ministarstva ili kao “treća strana” kod suradnje sa uzgojnim udruženjima);
- Sudjelovanje u poslovima kontrole sustava plaćanja novčanih potpora u poljoprivredi i ruralnom razvoju;
- Pružanje pomoći poljoprivrednim gospodarstvima pri podnošenju zahtjeva za ostvarivanje novčanih potpora u poljoprivredi i ruralnom razvoju;
- Obrada uzgojno selekcijskih podataka;
- Izračun uzgojnih vrijednosti za sva uzgojno valjana grla domaćih životinja;
- Organizacija stočarskih izložbi i smotri te izložbi poljoprivrednih proizvoda;
- Informiranje i izobrazba proizvođača;
- Izdavanje potvrde o podrijetlu (zootehničkih certifikata) za uzgojno valjana grla za pasmine u kojih ne postoje uzgojna udruženja;
- Sudjelovanje u izradi i provedbi programa zaštite i očuvanja izvornih i zaštićenih pasmina i sojeva domaćih životinja;
- Sudjelovanje u izradi razvojnih programa stočarske proizvodnje te njihovo praćenje u provedbi;
- Davanje stručnih mišljenja Ministarstvu u području stočarske politike i suradnja sa znanstvenim institucijama na području unaprjeđenja stočarske proizvodnje;
- Ostali poslovi koji pridonose razvoju stočarske proizvodnje.
Centar za stočarstvo svoje djelatnosti provodi kroz sljedeće Sektore i Odjele:
- Uprava Centra
- Odjel za opće poslove, edukaciju i promociju
- Odjel za razvoj i koordinaciju rada uzgojnih udruženja
- Sektor za uzgoj, testiranje i genetsko vrednovanje
- Odjel za govedarstvo
- Odjel za kopitare
- Odjel za ovčarstvo, kozarstvo i male životinje
- Odjel za svinjogojstvo
- Sektor područnih ureda
- Područni ured Bjelovar
- Područni ured Čakovec
- Područni ured Delnice
- Područni ured Donji Miholjac
- Područni ured Dubrovnik
- Područni ured Gospić
- Područni ured Karlovac
- Područni ured Krapina
- Područni ured Križevci
- Područni ured Pazin
- Područni ured Požega
- Područni ured Sisak
- Područni ured Slavonski Brod
- Područni ured Solin
- Područni ured Šibenik
- Područni ured Varaždin
- Područni ured Vinkovci
- Područni ured Virovitica
- Područni ured Vrbovec
- Područni ured Zadar