Najvažnije djelatnosti Centra su:
- Izdavanje rješenja o stavljanju na tržište vina i voćnih vina (upravni postupak),
- Godišnje potvrđivanje sukladnosti proizvoda sa zahtjevima specifikacija proizvoda za vina sa zaštićenom oznakom izvornosti (ZOI) (za vina berbe 2013. i mlađa), provedba postupaka zaštite kontroliranog zemljopisnog podrijetla vina (za vina berbe 2012. i starija),
- Praćenje baze podataka o berbi grožđa, proizvodnji i zalihama vina i voćnih vina za proizvođače koji puštaju u promet svoje proizvode,
- Nadzori berbe grožđa za proizvodnju predikatnih vina,
- Vođenje Evidencije proizvođača i proizvodnje voćnih vina,
- Izdavanje Mišljenja o kakvoći proizvoda u postupcima službenih kontrola (suradnja s resornim ministarstvom),
- Prikupljanje podataka te proizvodnja uzoraka hrvatskih autentičnih vina radi obavljanja izotopnih analiza i ažuriranje službene banke podataka o autentičnim vinima Europske unije,
- Izdavanje Certifikata za izvoz hrvatskih vina u treće zemlje,
- Razvoj i održavanje sustava kvalitete prema zahtjevima norme ISO 9001:2015, HRN EN ISO/IEC 17025:2007, HRN EN ISO/IEC 17065:2013,
- Znanstveno i stručno djelovanje na nacionalnoj i međunarodnoj razini, razmjena stručnjaka i znanja s drugim institucijama, sudjelovanje u znanstvenim i stručnim projektima na nacionalnoj i međunarodnoj razini,
- Suradnja s Ministarstvom poljoprivrede u području vinogradarstva i vinarstva, Europskom Komisijom, proizvođačima, udrugama proizvođača, drugim stručnim i znanstvenim institucijama,
- Suradnja s međunarodnim organizacijama čije je djelovanje vezano uz rad Centra.
Centar nudi usluge fizikalno kemijskih ispitivanja (za osobne potrebe) svih proizvoda iz područja rada; mošta, vina, octa, voćnih vina, jakih alkoholnih pića prema važećem cjeniku.