Najvažnije djelatnosti Centra su:
1. Administrativne i regulativne funkcije:
- Izdavanje rješenja: Ovaj postupak se odnosi na izdavanje dozvola (Rješenja) za stavljanje vina i voćnih vina na tržište, osiguravajući da svi proizvodi udovoljavaju propisanim standardima kvalitete.
- Godišnje potvrđivanje sukladnosti: Centar provodi godišnju verifikaciju vina sa Zaštićenom oznakom izvornosti (ZOI), udovoljavaju li uvjetima propisanim specifikacijama.
- Certificiranje aromatiziranih proizvoda: Ova djelatnost obuhvaća provjeru i certifikaciju aromatiziranih vina kako bi se osigurala njihova kvaliteta i autentičnost.
- Baza podataka: Centar prati i ažurira bazu podataka o berbi grožđa, proizvodnji, i zalihama vina i voćnih vina za proizvođače.
- Nadzor berbe predikatnih vina: Djelatnici Centra na terenu sudjeluju u nadzoru berbe grožđa za proizvodnju predikatnih vina.
- Evidencija proizvođača voćnih vina: Centar vodi Evidenciju proizvođača i proizvodnje voćnih vina kako bi se osigurala transparentnost i regulacija.
- Mišljenja o kakvoći: U suradnji s resornim ministarstvom, Centar daje stručna mišljenja o kakvoći proizvoda tijekom službenih kontrola.
- Izvoz i carinske koncesije: Centar izdaje certifikate za izvoz hrvatskih vina u treće zemlje te potvrde za korištenje carinskih koncesija pri izvozu vina iz Republike Hrvatske u Republiku Sjevernu Makedoniju.
2. Znanstvena istraživanja i suradnja:
- Autentična vina / EU Wine Data Bank: Centar sudjeluje u prikupljanje podataka, uzoraka grožđa, i proizvodnji autentičnih vina radi provedbi izotopnih analiza za EU-WDB (Banka podataka o autentičnim vinima Europske unije),
- Znanstveno djelovanje: Centar aktivno sudjeluje u znanstvenim i stručnim projektima na nacionalnoj i međunarodnoj razini (CroViZone, WINE-CLIMA-ADAPT…)
- Regionalna suradnja: Obuhvaća suradnju s poljoprivrednim proizvođačima, regionalnim organizacijama vinara i vinogradara, te udrugama proizvođača.
- Institucionalna i međunarodna suradnja: Aktivna suradnja s Ministarstvom poljoprivrede, Državnim inspektoratom i drugim međunarodnim organizacijama.
3. Usluge i kvaliteta:
- Standardi kvalitete: Centar razvija i održava sustav kvalitete prema različitim ISO normama kako bi osigurao izvrsnost svog rada i usluga (ISO 9001:2015, HRN EN ISO/IEC 17025:2017, HRN EN ISO/IEC 17065:2013)
- Usluge ispitivanja: Centar pruža usluge fizikalno-kemijskih ispitivanja (za osobne potrebe) svih proizvoda iz područja rada: mošta, vina, octa, voćnih vina, jakih alkoholnih pića, prema važećem cjeniku
Centar svoje djelatnosti provodi preko sljedećih Odjela i Sektora:
- Uprava Centra,
- Odjel za vinogradarstvo,
- Odjel za autentične proizvode,
- Sektor za nadzor i koordinaciju:
- Regionalni ured Slavonija i Podunavlje, Osijek,
- Regionalni ured Slavonija i Podunavlje, ispostava Kutjevo,
- Regionalni ured Dalmacija, Trilj,
- Regionalni ured Istra i Kvarner, Pazin,
- Regionalni ured Središnja bregovita Hrvatska, Zagreb
- Odjel za promet proizvoda,
- Odjel za fizikalno kemijska ispitivanja,
- Odjel za senzorna ispitivanja.