Agencijom upravlja Upravno vijeće koje čine predsjednik i četiri člana. Agenciju zastupa i predstavlja ravnatelj Agencije.
Ustrojstvene jedinice Agencije su:
- Ured ravnatelja sa sjedištem u Osijeku
- Sektor za podršku poslovnih procesa sa sjedištem u Osijeku
- Centar za sjemenarstvo i rasadničarstvo sa sjedištem u Osijeku
- Centar za zaštitu bilja sa sjedištem u Zagrebu
- Centar za tlo sa sjedištem u Osijeku
- Centar za sigurnost hrane sa sjedištem u Osijeku
- Centar za stočarstvo sa sjedištem u Osijeku
- Centar za kontrolu kvalitete stočarskih proizvoda sa sjedištem u Križevcima
- Centar za vinogradarstvo, vinarstvo i uljarstvo sa sjedištem u Zagrebu
- Centar za voćarstvo i povrćarstvo sa sjedištem u Zagrebu.
