Na temelju članka 16. stavka 2. Zakona osnivanju Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo (NN 25/09) i Odluke o pripajanju, postojeće institucije: Zavod za voćarstvo (osnovan 2001. godine), Zavod za tlo (osnovan 2001. godine), Zavod za zaštitu bilja u poljoprivredi i šumarstvu Republike Hrvatske (osnovan 1909. godine), Hrvatski zavod za vinogradarstvo i vinarstvo (osnovan 1996. godine) te ustanova Stanica za južne kulture Dubrovnik (koja djeluje od 1908. godine) prestale su poslovati kao samostalne pravne osobe s 30. lipnjem 2009. i nastavile su s radom s 1. srpnjem 2009. kao ustrojstvene jedinice Centra.
Zavod za sjemenarstvo i rasadničarstvo (osnovan 1998. godine) pripojen je Hrvatskom centru za poljoprivredu, hranu i selo 1. prosinca 2010. godine temeljem čl. 2 Zakona o izmjenama i dopunama Zakona o osnivanju Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu (NN 124/10) i selo i Odluke o pripajanju koju je donijelo Ministarstvo poljoprivrede, ribarstva i ruralnog razvoja. Zakonom o dopuni Zakona o osnivanju Sveučilišta u Dubrovniku (NN 80/11) iz Centra je s 1. rujnom 2011. izdvojen Zavod za maslinarstvo i južne kulture s 28 djelatnika te pripojen Sveučilištu u Dubrovniku, dok je Zakonom o poljoprivrednom zemljištu (NN 39/13) iz Centra 23. srpnja 2013. izdvojen Zavod za tlo s 22 djelatnika te pripojen Agenciji za poljoprivredno zemljište.
Zakonom o poljoprivrednom zemljištu (NN 20/18) iz ožujka 2018. godine, Agencija za poljoprivredno zemljište prestaje sa radom, a Zavod za tlo ponovno djeluje kao ustrojstvena jedninica Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo.
Na temelju članka 13. stavka 1. Zakona koji je stupio na snagu 1.siječnja 2019., Hrvatski centar za poljoprivredu, hranu i selo nastavlja s radom pod nazivom: Hrvatska agencija za poljoprivredu i hranu sa sjedištem u Osijeku.
Hrvatsku agenciju za hranu (osnovanu 2003. godine) na temelju članka 14. stavka 5. Zakona preuzima Agencija, te sada djeluje kao ustrojstvena jedinica – Centar za sigurnost hrane.
Hrvatsku poljoprivrednu agenciju (osnovanu 1994. godine) na temelju članka 15. stavka 5. Zakona, Agencija preuzima u dijelu koji se odnosi na područne ustrojstvene jedinice te na ustrojstvene jedinice zadužene za poslove kontrole kvalitete svježeg sirovog mlijeka, meda i stočne hrane, te sada djeluju u sklopu Agencije kao ustrojstvene jednice – Centar za stočarsto i Centar za kontrolu kvalitete stočarskih proizvoda.
U 5 navrata se provodila reorganizacija, tako da danas u sklopu Agencije posluju Centar za sjemenarstvo i rasadničarstvo sa sjedištem u Osijeku, Centar za zaštitu bilja sa sjedištem u Zagrebu, Centar za tlo sa sjedištem u Osijeku, Centar za sigurnost hrane sa sjedištem u Osijeku, Centar za stočarstvo sa sjedištem u Osijeku, Centar za kontrolu kvalitete stočarskih proizvoda sa sjedištem u Križevcima, Centar za vinogradarstvo, vinarstvo i uljarstvo sa sjedištem u Zagrebu i Centar za voćarstvo i povrćarstvo sa sjedištem u Zagrebu.