Od 2003. do 2016. Zavod za tlo provodi projekte kontrole plodnosti tla u suradnji sa regionalnim i lokanim samoupravnim jedinicama. U sklopu navedenih projekata Zavod je do danas analizirano je preko 40.000 uzoraka tla, a uz analize tla, od samog početka rade se analize biljnog materijala, organskih gnojiva i supstrata.
Zavod za tlo se 2005. godine uključuje u projekt Agencije za zaštitu okoliša «Izrada baze podataka o laboratorijima za agrokemijske, agrofizikalne i agromikrobiološke analize tla i biljnog materijala» s ciljem uspostave jedinstvenog informacijskog sustava zaštite okoliša na području Republike Hrvatske korištenjem u skladu s europskim zahtjevima. Cilj je bio potaknuti usvajanja međunarodnih normi za provedbu analiza, kako bi dobiveni rezultati bili međusobno usporedivi i ponovljivi.
Zavod se 2006. godine aktivno uključio u Projekt Agencije za zaštitu okoliša i Agronomskog fakulteta u Zagrebu «Izrada programa trajnog motrenja tala Hrvatske s pilot projektom», financiran kroz EU sredstva (Life III). Cilj ovog projekta bio je uspostava programa trajnog motrenja poljoprivrednih, šumskih i onečišćenih tala Republike Hrvatske. Programom se omogućava identifikacija kriznih područja na kojima su tla izložena prijetnjama definiranim dokumentom Europske komisije «Prema tematskoj strategiji za zaštitu tla». Osim identifikacije kriznih područja i prijetnji kojima su tla na njima izložena, motrenje tala omogućava i predviđanje pojava negativnih procesa u tlu, te njihovo sprečavanje ili ublažavanje.
Zavod provodi pilot projekte trajnog motrenja poljoprivrednih tala, te utvrđuje buduće lokacije postaja i točaka motrenja. Program trajnog motrenja tala je završen i prezentiran široj javnosti u siječnju 2009. godine.
Zavod za tlo digitalizira Osnovnu pedološku kartu Hrvatske u omjeru 1: 50.000 u suradnji s Agencijom za zaštitu okoliša u periodu 2007-2011. godine.
Zavod za tlo u suradnji s Institutom za ratarstvo i povrtarstvo – laboratorijom za zemljište i agroekologiju iz Novog Sada provodi projekt u trajanju od dvije godine IPA CBC Hrvatska Srbija – „CHAIN – Agriculture in cooperation with nature“. Projekat obuhvaća uspostavljanje zajedničkog monitoringa kvalitete poljoprivrednog zemljišta i podzemne vode u cilju doprinosa upravljanju rizicima onečišćenja iz poljoprivrede na području Podunavlja. Projekt je trajao od 2012. do 2015. godine.
Zavod za tlo prelazi u ustrojstvo Agencije za poljoprivredno zemljišta te sudjeluje u provedbi `IPA 2012 Multi-beneficiary statistical cooperation programme´ sa Državnim zavodom za statistiku temeljem Grant ugovora za potrebe EUROSTAT-a. Jedan od važnijih zadataka u okviru projekta je prikupljanje podataka o korištenju zemljišta i zemljišnom pokrovu (LUCAS).
Agencija za poljoprivredno zemljište – Odjel za praćenje stanja poljoprivrednog zemljišta sudjeluje u provedbi u provedbi LUCAS projekta. Na 3.500 točaka na području RH evidentiran je zemljišni pokrov, dok su na 350 točaka uzeti i uzorci tla. Statistički podaci dobiveni provedbom LUCAS-a koriste se za kreiranje raznih politika EU.
Agencija za poljoprivredno zemljište – Odjel za praćenje stanja poljoprivrednog zemljišta zajedno sa Agencijom za zaštitu okoliša, Hrvatskim geološkim institutom i Hrvatskim šumarskim institutom provodi projekt „Promjena zaliha ugljika u tlu i izračun trendova ukupnog dušika i organskog ugljika u tlu te odnos dušika i ugljika” u sektoru LULUCF (Land Use_Land Use Change and Forestry). Ovi podaci koriste se u nacionalnom izvješćivanju, u izvješćivanju prema Europskoj komisiji i Europskoj agenciji za zaštitu okoliša (EEA), te UNCCD Konvenciji Ujedinjenih Naroda o suzbijanju dezertifikacije u zemljama pogođenim jakim sušama i/ili dezertifikacijom, osobito u Africi (NN-MU 11/00) i LRTAP Konvenciji o dalekosežnom prekograničnom onečišćenju zraka (NN-MU 12/93.), (Convention on Long-range Transboundary Air Pollution; www.unece.org/env/lrtap) te Protokolu Konvencije o zajedničkom praćenju i procjeni dalekosežnog prekograničnog prijenosa onečišćujućih tvari u Europi (NN-MU 17/98., 3/99.), (The 1984 Geneva Protocol on Long-term Financing of the Cooperative Programme for Monitoring and Evaluation of the Long-range Transmission of Air Pollutants in Europe – EMEP Protokol).