Zavod za tlo je ustanova osnovana Uredbom Vlade Republike Hrvatske 2001. godine kao nacionalno ovlašteno tijelo za provođenje poslova iz područja zaštite i kontrole stanja poljoprivrednog zemljišta u funkciji provođenja zemljišne politike Ministarstva poljoprivrede.
Od 2003. godine kada Zavod za tlo započinje sa svojim radom, djeluje samostalno do 2009. godine. Kada prelazi u ustrojstvo Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo.
Od 2009. do 2013. godine Zavod djeluje u sastavu Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo, a od 2013. do 2018. godine u sastavu Agencije za poljoprivredno zemljište te u ožujku 2018. prelazi u sastav Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo do 31.12.2018. godine.
Od 01. siječnja 2019. godine stupanjem na snagu Zakona o osnivanju Hrvatske agencije za poljoprivredu hranu i selo Zavod za tlo mijenja naziv i postaje Centar za tlo.
Zavod za tlo započinje s radom 2003. godine kroz provedbu aktivnosti ispitivanja plodnosti (praćenje stanja) poljoprivrednog zemljišta i izdavanja preporuka za gnojidbu jednogodišnjih i višegodišnjih kultura u suradnji s Poljoprivrednim fakultetom Osijek. Ispitivanje plodnosti tla zadržale do danas kao bazna aktivnsot Zavoda.
Tijekom 2008-2009. Zavod rekonstruira i nadograđuje postojeći laboratorij.
Prva ocjena Hrvatske akreditacijske agencije laboratorija sukladno međunarodnoj normi HRN ISO/IEC 17025:2007 dobivena je 2011. godine, do danas je laboratorij Centra za tlo u sustavu akreditacije.