Od 2003. godine Zavod za tlo, a kasnije Centar za tlo, provodi poslove ispitivanja plodnosti tla do 2016. godine u suradnji s regionalnim i lokanim samoupravnim jedinicama, a od tada u direktnom kontaktu s korisnicima. Centar za tlo posjeduje GIS bazu podataka s više od 100 000 rezultata analiza tla koja je podloga za izradu predikcijskih karata i karata pogodnosti nekog područja.
Godine 2005. Zavod za tlo se uključuje u projekt Agencije za zaštitu okoliša „Izrada baze podataka o laboratorijima za agrokemijske, agrofizikalne i agromikrobiološke analize tla i biljnog materijala“ s ciljem uspostave jedinstvenog informacijskog sustava zaštite okoliša na području Republike Hrvatske u skladu s europskim zahtjevima. Cilj je bio potaknuti usvajanja međunarodnih normi za provedbu analiza, kako bi dobiveni rezultati bili međusobno usporedivi i ponovljivi.
Godine 2006. Zavod za tlo se uključuje u projekt Agencije za zaštitu okoliša i Agronomskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu „Izrada programa trajnog motrenja tala Hrvatske s pilot projektom“, financiran kroz EU sredstva (Life III). Cilj ovog projekta bio je uspostava programa trajnog motrenja poljoprivrednih, šumskih i onečišćenih tala Republike Hrvatske. Programom se omogućava identifikacija kriznih područja na kojima su tla izložena prijetnjama definiranim dokumentom Europske komisije prema tematskoj strategiji za zaštitu tla. Osim identifikacije kriznih područja i prijetnji kojima su tla na njima izložena, motrenje tala omogućava i predviđanje pojava negativnih procesa u tlu te njihovo sprečavanje ili ublažavanje. Zavod provodi pilot projekte trajnog motrenja poljoprivrednih tala te utvrđuje buduće lokacije postaja i točaka motrenja. Program trajnog motrenja tala je završen i prezentiran široj javnosti u siječnju 2009. godine.
U periodu od 2007. do 2011. godine, Zavod za tlo digitalizira Osnovnu pedološku kartu Hrvatske u omjeru 1: 50.000 u suradnji s Agencijom za zaštitu okoliša, a digitalizirana karta postaje podloga za većinu istraživanja koja se provode na području RH.
Od 2012. do 2015. godine u suradnji s Institutom za ratarstvo i povrtlarstvo iz Novog Sada provodio se projekt IPA CBC Hrvatska Srbija – „CHAIN – Agriculture in cooperation with nature“. U pograničnom području poljoprivredna djelatnost, odnosno ratarska proizvodnja, predstavlja najrazvijeniju granu privrede, zahvaljujući plodnom tlu, obilju vode, povoljnoj klimi i dugoj tradiciji. Promatrano područje istraživanja je poljoprivredno zemljište koje se prostire uz park prirode „Kopački rit“ na području Republike Hrvatske. Budući da na jednom području postoje dva suprotstavljena interesa, ovdje je značajno uspostaviti ravnotežu prirode i ljudskih aktivnosti pa je u tu svrhu na tom području uspostavljeno pet monitoring lokacija.
Godine 2013. Zavod za tlo prelazi u ustrojstvo Agencije za poljoprivredno zemljište i djeluje kao Odjel za praćenje stanja poljoprivrednog zemljišta te sudjeluje u provedbi IPA 2012 Multi-beneficiary statistical cooperation programme s Državnim zavodom za statistiku na temelju Grant ugovora za potrebe EUROSTAT-a. Jedan od važnijih zadataka u okviru projekta je prikupljanje podataka o korištenju zemljišta i zemljišnom pokrovu (LUCAS). Odjel za praćenje stanja poljoprivrednog zemljišta sudjeluje u provedbi LUCAS projekta na 3.500 točaka na području RH gdje je evidentiran zemljišni pokrov, dok su na 350 točaka uzeti uzorci tla. Statistički podaci dobiveni provedbom LUCAS-a koriste se kao podloga za kreiranje raznih politika EU vezanih uz poljoprivredno zemljište.
Godine 2015. Odjel za praćenje stanja poljoprivrednog zemljišta zajedno s Agencijom za zaštitu okoliša, Hrvatskim geološkim institutom i Hrvatskim šumarskim institutom provodi projekt „Promjena zaliha ugljika u tlu i izračun trendova ukupnog dušika i organskog ugljika u tlu te odnos dušika i ugljika” u sektoru LULUCF (Land Use, Land Use Change and Forestry). Ovi podaci koriste se za nacionalno izvješćivanje prema Europskoj komisiji i Europskoj agenciji za zaštitu okoliša (EEA) te UNCCD Konvenciji Ujedinjenih Naroda o suzbijanju dezertifikacije u zemljama pogođenim jakim sušama i/ili dezertifikacijom, osobito u Africi (NN-MU 11/00) i LRTAP Konvenciji o dalekosežnom prekograničnom onečišćenju zraka (NN-MU 12/93. Convention on Long-range Transboundary Air Pollution; www.unece.org/env/lrtap) te Protokolu Konvencije o zajedničkom praćenju i procjeni dalekosežnog prekograničnog prijenosa onečišćujućih tvari u Europi (NN-MU 17/98., 3/99. The 1984 Geneva Protocol on Long-term Financing of the Cooperative Programme for Monitoring and Evaluation of the Long-range Transmission of Air Pollutants in Europe – EMEP Protokol).
Stupanjem na snagu Zakona o osnivanju Hrvatske agencije za poljoprivredu i hranu, Zavod za tlo mijenja naziv i postaje Centar za tlo, a tijekom 2021. u sklopu shema za jačanje primijenjenih istraživanja za mjere prilagodbe klimatskim promjenama kreće provedba projekta “Agroekoteh“ – Optimizacija gospodarenja tlom i prilagodba agroekosustava i agrotehničkih mjera klimatskim promjenama. Cilj projekta bio je povećati prilagodljivost i smanjiti ranjivost hrvatske poljoprivrede vezano uz utjecaj klimatskih promjena na plodnost i kvalitetu tla kroz prijedlog agrotehničkih mjera. Izdan je i elaborat koji se u elektronskom obliku nalazi na izborniku Publikacije.
Sukladno „Nacionalnom planu oporavka i otpornosti 2021.-2026.“, HAPIH-CT je imenovan kao provedbeno tijelo Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i ribarstva za investiciju C1.5.R2 I2. Trajno praćenje stanja (monitoring) poljoprivrednog zemljišta. Investicija uključuje uspostavu 90 postaja trajnog motrenja na području cijele RH. Sustav praćenja stanja (monitoring) poljoprivrednog zemljišta osigurati će praćenje i usporedivost podataka o stanju tala, kako prema obvezama izvješćivanja o stanju okoliša Republike Hrvatske, tako i prema međunarodno preuzetim obvezama. Osim Centra za tlo u provedbu ovog složenog projekta angažirane su i druge institucije: Fakultet agrobiotehničkih znanosti Osijek (za mikrobiloške analize), Nastavni zavod za javno zdravstvo dr. Andrija Štampar iz Zagreba (za analize postojanih organskih onečišćivača: PAH, PCB, triazinski herbicidi, organoklorni pesticidi), Nastavni zavod za javno zdravstvo Osječko-baranjske županije (za analize procjedne vode iz pijezometara) te Agronomski fakultet Sveučilišta u Zagrebu (za usluge stručnog savjetovanja).
Monitoring poljoprivrednog zemljišta rezultat je trogodišnje provedbe projekta „Izrada programa trajnog motrenja tala Hrvatske s pilot projektom (LIFE05 TCY/CRO/000105)“, koji je provodila Agencije za zaštitu okoliša. Program trajnog motrenja poljoprivrednih tala Hrvatske postao je dio zakonske legislative 2010. godine. U sklopu projekta izdan je FAO priručnik za opis tla koji se u elektronskom obliku nalazi u podizborniku Publikacije.
Godine 2023. započeo je projekt „Agroekološko zoniranje Republike Hrvatske“ s ciljem uspostavljanja nacionalnog sustava agroekološkog zoniranja koji bi pridonio povećanju konkurentnosti hrvatske poljoprivrede. Nakon definiranja metodologije za uspostavu agroekološkog zoniranja (odabira podloga, karata, utvrđivanja bioloških zahtjeva kultura prema agroekološkim uvjetima) matematičkim modelom vrednovanja ulaznih varijabli bit će uspostavljen Nacionalni sustav agroekološkog zoniranja Republike Hrvatske koji će biti implementiran u IT aplikaciju.
Za potrebe Ministarstva zaštite okoliša i zelene tranzicije – Zavoda za zaštitu okoliša i prirode u rujnu 2025. godine započinje provedba projekta „Monitoringa poljoprivrednih, močvarnih i travnjačkih ekosustava“ koja traje do 2027. godine. Cilj projekta je izvršenje izvještajne obveze Republike Hrvatske prema članku 9. NEC Direktive u dijelu motrenja poljoprivrednih i preostalih prirodnih ekosustava. Obuhvaća aktivnosti uzimanja uzoraka sa sedam monitoring lokacija, analize uzoraka tla i biljnog materijala, prilagodbu i unos podataka i pokazatelja u izvještajne obrasce te izrade izvješća. Projekt uključuje aktivnu suradnju s Europskom komisijom.
U sklopu INTERREG VI-A IPA Programme Croatia – Bosnia and Herzegovina – Montenegro 2021-2027. „Pametna, inovativna i održiva poljoprivreda“ 1. rujna 2025. započeo je projekt “SATECON”. Projekt će se provoditi na području Dubrovačko-neretvanske, Splitsko-dalmatinske i Zadarske županije, na ARKOD površinama manjim od jednog hektara (<1 ha) na kojima ne postoji zakonska obveza praćenja stanja poljoprivrednog zemljišta. Rezultati laboratorijskih analiza pokazatelji su ključnih karakteristika tla, uključujući pH vrijednost, sadržaj organske tvari, sadržaj pristupačnih hraniva kao što su dušik, fosfor i kalij, teksturu tla te fizikalne analize. Primjena predloženih alata i pametnih tehnologija u hortikulturi pridonijet će povećanju učinkovitosti korištenja inputa u proizvodnji, poput uporabe gnojiva, vode i energije te većoj sekvestraciji ugljika u tlu.
U svrhu dodatnog ažuriranja prostorne pokrivenosti podataka o teksturnom sastavu tla, planirano je korištenje arhivskih uzoraka iz HAPIH-ovog Centra za tlo. Projekt će poticati i razvijati aktivnosti koje će doprinijeti ublažavanju posljedica klimatskih promjena te pridonijeti klimatskoj neutralnosti uvođenjem i prihvaćanjem tehnika sekvestracije ugljika.