Zavod za tlo je ustanova osnovana Uredbom Vlade Republike Hrvatske 2001. godine kao nacionalno ovlašteno tijelo za provođenje poslova iz područja zaštite tla i kontrole stanja poljoprivrednog zemljišta u funkciji provođenja zemljišne politike Ministarstva poljoprivrede.
Od 2003. godine Zavod za tlo započinje sa svojim radom i djeluje samostalno do 2009. godine. Od 2009. do 2013. godine Zavod djeluje u sastavu Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo, a od 2013. do 2018. godine u sastavu Agencije za poljoprivredno zemljište. U ožujku 2018. prelazi u Hrvatski centar za poljoprivredu, hranu i selo u čijem sastavu djeluje do 31.prosinca 2018. godine.
Od 1. siječnja 2019. godine, stupanjem na snagu Zakona o osnivanju Hrvatske agencije za poljoprivredu hranu i selo, Zavod za tlo mijenja naziv i postaje Centar za tlo.
Zavod za tlo započinje s radom 2003. godine kroz provedbu aktivnosti „Kontrole plodnosti tla na obiteljskim gospodarstvima“ i izdavanjem preporuka za gnojidbu jednogodišnjih i višegodišnjih kultura u suradnji s Poljoprivrednim fakultetom Osijek.
Tijekom 2008.-2009. Zavod rekonstruira i nadograđuje postojeći stari laboratorij i kreće s pripremom za ulazak u sustav akreditacije.
Prva ocjena Hrvatske akreditacijske agencije laboratorija sukladno međunarodnoj normi HRN ISO/IEC 17025:2007 dobivena je 2011. godine.
Od tada pa do danas Laboratorij Centra za tlo u sustavu je akreditacije.
Ispitivanje plodnosti tla i trajno praćenje poljoprivrednog zemljišta (monitoring) bazne su aktivnosti Centra za tlo.