Povijest Centra za kontrolu kvalitete stočarskih proizvoda datira od 5. rujna 2002. godine i otvaranja Središnjeg laboratorija za kontrolu kvalitete mlijeka (SLKM) u Poljani Križevačkoj. SLKM je započeo s radom te godine kao dio Hrvatskog stočarsko-selekcijskog centra s ciljem osiguranja jedinstvenog, neovisnog utvrđivanja kvalitete mlijeka za sve proizvođače i otkupljivače u Republici Hrvatskoj. Odluka o uključivanju Hrvatske u međunarodne integracije, a posebno Europsku uniju, te stoga i potreba za prilagodbom zahtjevima EU-a i postizanja visoke kvalitete mlijeka, rezultirali su donošenjem zakonskih odredbi i u sektoru proizvodnje i prerade mlijeka.
Za uspostavu neovisnog laboratorija i provedbu sustava kontrole kvalitete svježeg sirovog mlijeka bio je zadužen tadašnji Hrvatski stočarski selekcijski centar (danas Hrvatska agencija za poljoprivredu i hranu). Za lokaciju središnjeg laboratorija određeni su prostori u Poljani Križevačkoj (Križevci). Ministarstvo poljoprivrede ovlastilo je 2002. godine tadašnji Hrvatski stočarsko selekcijski centar, Središnji laboratorij za kontrolu kvalitete mlijeka, da kao ovlašteni laboratorij obavlja ispitivanja svih parametara kakvoće svježeg sirovog mlijeka u skladu s tadašnjem Pravilniku o kakvoći svježeg sirovog mlijeka.
Pored Središnjeg laboratorija za kontrolu kvalitete mlijeka 2007. godine osnovan je Laboratorij za kontrolu kvalitete stočne hrane, a 2011. godine, tada već u okviru Hrvatske poljoprivredne agencije, aktivnost laboratorija proširena je i na područje kontrole kvalitete meda.
Pod sadašnjim nazivom Centar za kontrolu kvalitete stočarskih proizvoda djeluje od 1. siječnja 2019. godine i osnivanja Hrvatske agencije za poljoprivredu i hranu, pripajanjem dijela Hrvatske poljoprivredne agencije Hrvatskom centru za poljoprivredu, hranu i selo. Kroz svoja dva laboratorija, Središnji laboratorij za kontrolu kvalitete mlijeka i Središnji laboratorij za kontrolu kvalitete meda i stočne hrane, Centar danas provodi aktivnosti provedbe sustava kontrole kvalitete mlijeka u RH te meda i hrane za životinja.