Iako su fenotipska opažanja i mjerenja nezamjenjiva u identifikaciji sorti, vanjski izgled same voćke, a posebice plodova pod velikim je utjecajem okolinskih faktora. Ovisno o poziciji u krošnji te osunčanosti, boja ploda može znatno varirati te je potrebno veliko znanje i iskustvo za ispravnu identifikaciju sorti. Također, voćka mora biti u rodu da bi se mogle vidjeti karakteristike plodova, a identifikacija podloga je bez primjene molekulatnih tehnika vrlo teška. Otkrićem lančane reakcije polimerazom te mogućnosti in vitro umnažanja DNK molekula krajem 20. stoljeća kreće ubrzani razvoj brojnih tehnika za analizu genoma. Kroz godine su se za potrebe identifikacije sorti poljoprivrednog bilja kao standard propisan i od svjetskih organizacija (npr. ECPGR) nametnuli mikrosateliti odnosno Simple Sequence Repeats biljezi. Razlog popularnosti mikrosatelitskih DNK biljega za različite analize je njihov vrlo veliki polimorfizam koji je uglavnom uzrokovan varijacijama u dužini ponavljajućeg motiva, a ne mutacijama u primarnoj sekvenci.
Cijeli postupak genetičke identifikacije odvija se u nekoliko sukcesivnih faza. Uzorke biljnog tkiva (list, plod, korijen, koštica, itd.) potrebno je pripremiti za postupak izolacije ukupne DNK molekule (korištenjem kugličnog mlina ili homogenizatorima). Nakon toga korištenjem protokola propisanog za pojedinu voćnu vrstu provodi se postupak izolacije DNK tijekom kojeg se u nekoliko koraka inkubacije na određenim temperaturama uz prisustvo reagensa (korištenjem suhog bloka) temeljem razlika u molekularnim masama, odvaja DNK molekula od ostalih komponenata pristutnih u biljnom tkivu (korištenjem centrifuge). Nakon izolacije provodi se lančana reakcija polimerazom korištenjem thermalcyclera te nakon završetka reakcije elektroforetsko razdvajanje produkata u gelu (korištenjem uređaja za elektroforezu) te njihova vizualizacija (korištenjem sustava za vizualizaciju).
Usporedbom rezultata analiza sa bazama profila poznatih sorata moguće je utvrditi da li se radi o nekim novim autohtonim sortama voćnih vrsta, da li deklarirana sorta odgovara stvarnom genotipu (u postupku postkontrole sadnog materijala) te brojne druge primjene.